Cho phép thiết lập cơ cấu phòng ban, bộ phận trong đơn vị, phục vụ cho công tác thống kê và quản lý nhân viên trên ứng dụng Nhân sự; công tác hạch toán kế toán trên ứng dụng Kế toán; hay công tác quản trị bán hàng trên ứng dụng Bán hàng.
Việc thiết lập cơ cấu tổ chức có thể được thực hiện ngay trên trang chủ như hướng dẫn bên dưới, ngoài ra nếu đơn vị có sử dụng ứng dụng Nhân sự, có thể khai báo cơ cấu tổ chức trên ứng dụng Nhân sự. Thông tin cơ cấu tổ chức khai báo trên trang chủ sẽ tự động cập nhật sang ứng dụng Nhân sự và ngược lại.
1. Khai báo Cơ cấu tổ chức cho đơn vị không có chi nhánh
Với đơn vị không có chi nhánh, cơ cấu tổ chức của đơn vị được phân ra làm 2 cấp như sau:
- Cấp thứ nhất: Tập đoàn/Tổng công ty: Cấp tổ chức này sẽ được chương trình tự động sinh ra ngay sau khi đăng ký sử dụng AMIS.VN thành công. Với cơ cấu tổ chức này, chương trình không cho phép Xóa hoặc Ngừng theo dõi mà chỉ có thể thực hiện chức năng Sửa để thay đổi lại một số thông tin.
- Cấp thứ hai: Văn phòng/Trung tâm/Phòng ban/Nhóm/Tổ/Đội/Phân xưởng: Cấp tổ chức này thuộc cấp tổ chức thứ nhất.
Lưu ý: Nên khai báo đầy đủ cơ cấu tổ chức của đơn vị đến cấp chi tiết nhất (cấp thứ hai) để phục vụ cho công tác hạch toán kế toán vì khi khai báo danh mục, chứng từ…trên ứng dụng AMIS.VN-Kế toán, chương trình chỉ cho phép khai báo thông tin Đơn vị, Đơn vị sử dụng theo cấp tổ chức chi tiết nhất.
Hướng dẫn thực hiện
Trên giao diện wall, nhấn biểu tượng 
Chọn Cơ cấu tổ chức.
Nhấn Thêm.
Khai báo thông tin cơ cấu tổ chức:
- Tại mục Thuộc đơn vị: Chọn cơ cấu tổ chức cấp cha
- Tại mục Cấp tổ chức: Chọn cấp tổ chức cho đơn vị khai báo
Nhấn Lưu để hoàn thành.
2. Khai báo Cơ cấu tổ chức cho đơn vị có chi nhánh
Với đơn vị có chi nhánh, cơ cấu tổ chức của đơn vị được phân ra làm 3 cấp như sau:
- Cấp thứ nhất: Tập đoàn/Tổng công ty: Cấp tổ chức này sẽ được chương trình tự động sinh ra ngay sau khi đăng ký sử dụng AMIS.VN thành công. Với cơ cấu tổ chức này, chương trình không cho phép Xóa hoặc Ngừng theo dõi mà chỉ có thể thực hiện chức năng Sửa để thay đổi lại một số thông tin.
- Cấp thứ hai: Công ty con/Chi nhánh/Văn phòng đại diện: Cấp tổ chức này thuộc cấp tổ chức thứ nhất và chương trình chỉ cho phép khai báo với số lượng tối đa bằng số lượng chi nhánh đã mua.
- Cấp thứ ba: Văn phòng/Trung tâm/Phòng ban/Nhóm/Tổ/Đội/Phân xưởng: Cấp tổ chức này có thể thuộc cấp tổ chức thứ nhất hoặc thứ hai.
Lưu ý: Nên khai báo đầy đủ cơ cấu tổ chức của đơn vị đến cấp chi tiết nhất (cấp thứ ba) để phục vụ cho công tác hạch toán kế toán vì khi khai báo danh mục, chứng từ…trên ứng dụng AMIS.VN-Kế toán, chương trình chỉ cho phép khai báo thông tin Đơn vị, Đơn vị sử dụng theo cấp tổ chức chi tiết nhất.
Hướng dẫn thực hiện
Trên giao diện wall, nhấn biểu tượng
Chọn Cơ cấu tổ chức.
Nhấn Thêm.
Khai báo thông tin cơ cấu tổ chức:
- Tại mục Thuộc đơn vị: Chọn cơ cấu tổ chức cấp cha
- Tại mục Cấp tổ chức: Chọn cấp tổ chức cho đơn vị khai báo
Nhấn Lưu để hoàn thành.
Lưu ý: Chương trình chỉ cho phép thêm cơ cấu tổ chức Công ty con, Chi nhánh hoặc Văn phòng đại diện tối đa bằng số lượng chi nhánh đã mua khi mua sản phẩm AMIS.VN